清华同衡总体规划一所是我院总体规划团队的核心业务部门，主要承担城市总体规划、区域规划、城镇体系规划、新区规划、产业园区规划等各类规划设计任务，以及城市发展战略规划、概念规划和设计、城市重要功能区发展策划、专项规划研究等各类规划咨询任务。

清华同衡城市不动产研究所是致力于研究解决中国高速城市化进程中特殊城市问题的策划和规划设计研究机构。近年来，在新城建设、大型园区、商业综合体、住区、公共空间和城乡统筹等领域卓有建树。中心由清华资深教授和设计院精英组成跨领域综合团队，将项目策划、行动计划、规划设计、城市营销融贯打通、全息经略，确保项目从策划理念到建设实践的纵向一致性与横向可实施性。

清华同衡历史城市保护发展研究所前身为清华规划院历史文化名城研究所二室，从2006年起从事专业工作。历史城市所是清华规划院针对文物保护、历史文化名城保护、旧城更新规划、历史城市营造建设设立的专门机构，受遗产保护与城乡发展中心直接管理。

北京清华同衡规划设计研究院有限公司成立于1993年（原北京清华城市规划设计研究院），我院于2012年8月，由全民所有制改为有限责任公司，改制完成后整体划转至清华控股有限公司。